選用“一個細胞含有多少DNA”作為題目時,小編糾結(jié)了好久,因為這個問題問得實在不夠?qū)I(yè),不同生物細胞中的DNA含量是由其基因組DNA的長度決定的--更糟糕的是,病毒沒有細胞結(jié)構(gòu),還不能作為“細胞”囊括進去。因此最精確的問題應(yīng)當(dāng)是:“構(gòu)成一個生物樣本的最小單元含有多少核酸”,但是這個題目的吸引力肯定會大打折扣。退而求次,畢竟選擇提問“一個細胞含有多少DNA”的同學(xué),更可能會問“試劑盒一次能提多少DNA”。
針對“試劑盒一次能提多少DNA”這個問題,其實進一步的需要思考的是“生物樣本中含有多少DNA”,然后我們自然開始追問,構(gòu)成樣本的每個最小的單元(細胞,細菌或病毒)含有多少DNA。
我們先以人類為例來計算一個人類細胞中含有多少DNA:
從百度搜索可知以下數(shù)據(jù):
1. 人類基因組DNA約為3×109 bp,且為二倍體基因組,故一個人類細胞中含有6×109 bp的基因組DNA。
2. 已知1.5pmol,1000bp的DNA分子質(zhì)量為1μg。
3. 1g=1000mg=106μg=109ng=1012pg
4. 1mol=1000mmol=106μmol=109nmol=1012pmol,則1.5pmol=1.5×10-12mol,
那么可計算得
1.5pmol=1.5×10-12×6.02×1023=9.03×1011
1000bp×9.03×1011=1bp×9.03×1014=1μg
即1個人類細胞所含的DNA質(zhì)量為:
6×109bp/9.03×1014=6.64×10-6μg
至此,計算公式可以簡化為:
某物種單個細胞(或結(jié)構(gòu)單元)的DNA含量=(某物種基因組DNA堿基數(shù)×倍體數(shù)/9.03×1014)μg
反過來:
提取1μg 某物種的DNA所需要的細胞數(shù)量= 9.03×1014/(某物種基因組DNA堿基數(shù)×倍體數(shù)),那么要從人類培養(yǎng)細胞中提取到1μg DNA,至少需要1.51×105個細胞。
注意:
1. 真核生物實際所需的細胞數(shù)可能會比算出來的少一些,因為真核細胞中的線粒體、葉綠體也能貢獻DNA。當(dāng)然,由于提取效率不可能達到100%,算出來所需的細胞數(shù)還是差不多的。
2. 有的生物只有一套基因組,為一倍體,如細菌等;有的含兩套多套基因組,為二倍體,如人類;還有的含有多套基因組,為多倍體,如四倍體水稻、三倍體水稻等。
算到這兒,小編決定隆重推出simgen常數(shù):simgen=9.03×1014,同學(xué)們只要牢記simgen常數(shù)9.03×1014,算起來好輕松哦。
讓我們一起看下用simgen常數(shù)算出來的,獲得不同物種1μg DNA需要多少個細胞/病毒數(shù)吧:
物種名稱 | 基因組大?。?span >bp) | 倍體數(shù) | 個細胞(病毒數(shù))/μg DNA |
人 | 3,000,000,000 | 2 | 1.51×105 |
小鼠 | 2,716,965,481 | 2 | 1.66×105 |
大鼠 | 2,800,000,000 | 2 | 1.62×105 |
豬 | 2,389,078,169 | 2 | 1.89×105 |
大腸桿菌 | 4,000,000 | 1 | 2.25×108 |
酵母 | 20,000,000 | 1 | 4.52×107 |
λ 噬菌體 | 50,000 | 1 | 1.81×1010 |
乙肝病毒 | 3,200 | 1 | 2.82×1011 |
水稻 | 466,000,000 | 2 | 9.7×105 |
N | 1.94×106/N | ||
玉米 | 2,500,000,000 | 2 | 1.81×105 |
N | 3.61×105/N | ||
斑馬魚 | 1,700,000,000 | 2 | 2.66×105 |
河豚 | 500,000,000 | 2 | 9.10×105 |
當(dāng)我們可以預(yù)判樣本中的DNA含量時,就可以更科學(xué)選擇合適的DNA提取方法了:
1. 當(dāng)樣本中的DNA含量大于50 μg 以上時,通常小量制備的核酸純化柱已經(jīng)超載了(比如產(chǎn)生堵柱子的現(xiàn)象),應(yīng)選用中大量DNA提取試劑盒,或者是選用經(jīng)典的酚氯仿抽提,異丙醇沉淀DNA;
2. 當(dāng)樣本中的DNA含量介于1-30 μg時,推薦選用試劑盒提取DNA。用酚氯仿抽提,異丙醇沉淀法可能會觀察不到DNA沉淀;
3. 當(dāng)樣本中的DNA含量小于1 μg時,酚氯仿抽提,異丙醇沉淀法幾乎失效,挽救的方法是添加Carrier RNA(Simgen,Cat.4003101)或是糖元協(xié)助DNA共同沉淀;更簡單的方案是購買Simgen 微量DNA提取試劑盒(Cat.3102050);
4. 當(dāng)樣本中的DNA含量小于1ng時,請先按方案3嘗試;如果還不行,請撥打400-0099-857獲取幫助吧。
新景生物實驗室
2016年11月23日